1999-2000 NBA sezonu Nets' in 33 sezon oldu NBA içinde ve 24 sezonu Doğu Rutherford, New Jersey . Sezon dışında Nets , Los Angeles Clippers'tan Johnny Newman'ı yeniden satın aldı ve serbest oyuncu Sherman Douglas ile yeniden sözleşme imzaladı . Tüm sezonu bacağından sakatlanarak kaçıran Jayson Williams olmadan , Nets ilk 17 maçının 15'ini kaybetmek için mücadele etti, ancak sonunda sonraki 18 maçın 13'ünü kazanacak ve kendilerini 31-40'lık bir playoff tablosunun yakınında bulacaklardı. 30 Mart itibariyle rekor. Bununla birlikte, sezon sonundaki bir dizi sakatlık, takımın son on bir maçını kaybetmesine neden oldu ve Atlantik Bölümü'nü 31-51'lik bir rekorla altıncı bitirdi.
1999-2000 sezonunda, birkaç Nets farklı dönüm noktalarına ulaştı. Stephon Marbury 2.000. asistini yaptı ve Kendall Gill kariyerinde 10.000. sayısını kaydetti. Marbury, maç başına 22.2 sayı ve 8.4 asistle takımı yönetti ve All-NBA Üçüncü Takımına seçildi. Gill, toplam 139 top çalma ile takımı yönetti ve onu ligde dokuzuncu sıraya koydu. Keith Van Horn maç başına 19,2 sayı ile takımı ikinci sırada tamamladı. Sezonun ardından, baş antrenör Don Casey kovuldu, Scott Burrell ve Gheorghe Mureşan'ın ikisi de serbest oyuncuya bırakıldı ve Williams emekli oldu.
Center Jayson Williams , bacağındaki sakatlık nedeniyle tüm sezonu kaçırdı.
Normal mevsim
Nets sezona 2-15 ile bir franchise rekoru düşük başladı. Kötü başlangıca rağmen, Nets playoff için mücadele etmek için geri döndü. Nets, sezonun bitmesine üç hafta kala, Nisan ayının başındaki playoff yarışında hâlâ hayattaydı. Nisan ayının ilk haftasından sonra, takımda diz yaralanmaları ile mücadele eden lider golcü Stephon Marbury yoktu. Diğer sakatlıklar arasında çaylak Evan Eschmeyer (ayak bileği) ve şutör guard Kerry Kittles (diz) vardı. Nets, Miami Heat'e 103-85 mağlup olduktan sonra 7 Nisan'da playoff çekişmesinden resmen elendi . Takım, sezonun son 11 maçını kaybederek sezonu tamamladı.